Специалисты НИУ ВШЭ изучили образцы опухолей пациентов и определили, какие гены связаны с развитием наиболее агрессивного и распространенного подтипа светлоклеточного рака почки, сообщает пресс-служба ВУЗа. Сведения позволят вовремя диагностировать рак и составить индивидуальный план лечения. Результаты исследования опубликованы в журнале Scientific Reports.
Светлоклеточный рак считается наиболее опасным и распространенным видом рака почки — после пяти лет лечения погибают 30-40% заболевших. Имеющихся знаний недостаточно для эффективного прогнозирования течения болезни.
Сотрудник Международной лаборатории биоинформатики факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ Григорий Пузанов проанализировал 456 образцов опухолей из Атласа генома рака (TCGA), для которых не проводилась лучевая или фармакотерапия, и определил подтипы рака с неблагоприятными и благоприятными прогнозами. Он выделил подтипы рака методом k-средних, когда выборку делят на подгруппы со схожими свойствами. Выбор метода основывался на информации о 2000 генах с наиболее изменяющейся экспрессией при светлоклеточном раке почки. Экспрессия — это процесс, в ходе которого ген считывается, формируется его копия в виде матричной РНК и затем эта копия используется для синтеза белка.
«Алгоритм на каждом этапе (100 повторов) сортировал образцы опухолей по схожести экспрессии этих 2000 генов. В результате было выделено три кластера (подтипа) с разной выживаемостью пациентов. Для обнаруженного кластера с худшей выживаемостью характерно наличие метастазов и худший ответ на последующую терапию», — говорится в сообщении пресс-службы ВШЭ.
В ходе исследования специалисты изучили особенности кластеров, которые помогают понять, какие генетические причины влияют на развитие болезни. А затем выявили гены, отвечающие за высокую и низкую выживаемость пациента, построили сеть взаимодействий для белков, синтез которых кодируют эти гены. И в результате обнаружили ключевые гены, отвечающие за развитие заболевания.
«Так, в подгруппе, связанной с низкой выживаемостью человека, оказались гены MFI2, CP, APOB, ENAM. Они участвуют в регуляции транспорта инсулиноподобного фактора роста (белка, по структуре похожего на инсулин) в клетке и посттрансляционной модификации белков. Также в число ключевых попали гены, кодирующие цепи фибриногена и протромбина, связанные с процессами свертывания крови в организме человека: FGA, FGG и F2», — сказано в исследовании.
По словам автора исследования, сочетание традиционных противоопухолевых препаратов с антикоагулянтами, замедляющими свертываемость крови, способно эффективнее справляться со злокачественными опухолями.
«Некоторые из этих ключевых генов могут определять эффективность применения противоопухолевых препаратов. Например, повышенная активность генов CP, FGA и FGG связана с отсутствием эффекта от лекарства ниволумаб, а APOB и ENAM — от препарата сунитиниб. Зная это, специалисты могут подобрать наиболее эффективное лечение для пациентов со злокачественной опухолью», — комментирует автор статьи Григорий Пузанов.
Информация предоставлена пресс-службой НИУ ВШЭ
Фото на странице: Andreus / Фотобанк 123RF
