Лаборатория трансплантационной иммунологии НМИЦ гематологии совместно с группой Roy Mariuzza из Мэрилендского университета (США) опубликовала в Nature Communications первую 3D-структуру коронавирусного Т-клеточного рецептора человека вместе с мишенью, прояснив механизм распознавания Т–лимфоцитами вируса SARS–CoV–2.
В своих более ранних работах руководитель управления биомедицинских технологий Григорий Ефимов с коллегами определил фрагменты коронавируса (эпитопы), вызывающие Т-клеточный иммунный ответ у большинства людей. Конкретный набор фрагментов, на которые вирус расщепляется в клетках человека, определяется генетически: у одного человека Т-лимфоцитам показываются одни фрагменты, у другого — другие. Самый распространённый в европейской популяции вариант гена для демонстрации вирусных фрагментов Т-лимфоцитам — HLA–A*02:01. Почти 100% людей с этим вариантом гена реагируют на эпитоп YLQ из спайк-белка коронавируса, поэтому иммунодоминантный YLQ был выбран в качестве мишени для получения 3D-структуры.
Проанализировав структуры рецепторов в комплексе с фрагментами коронавируса на ускорителе частиц Advanced Photon Source в Аргоннской национальной лаборатории (США), учёные нашли объяснения крайне высокой иммуногенности эпитопа YLQ.
Оказалось, что для распознавания YLQ Т–лимфоциты используют наиболее консервативную часть своего рецептора, которая представлена в геноме всех людей. Именно поэтому на фрагмент YLQ часто формируется иммунный ответ. Так наблюдаемая иммунодоминантность этого эпитопа получила научное объяснение.
Однако коронавирусу совершенно не выгодно узнавание иммунной системой человека, поэтому в прошлых штаммах вируса в фрагменте YLQ появилась мутация. Вирус меняется, чтобы уходить от иммунного ответа того, на ком он паразитирует. Структурный анализ показал, что с мутантным YLQ Т-клеточный рецептор не связывается из-за потери контакта с той самой консервативной областью. Это стало изящным молекулярным подтверждением того, что исследователи верно интерпретировали механизм распознавания этого вирусного фрагмента.
Взаимодействие коронавируса и иммунитета человека остаётся актуальной темой исследований. Вирус эволюционирует в ответ на реакцию человеческого иммунитета на него. Т-лимфоциты человека тоже инициируют мутации в собственных рецепторах, чтобы адаптироваться к произошедшим в вирусе изменениям и лучше узнавать новые штаммы. Подстройка вируса и иммунной системы друг под друга продолжается уже 2 года, и чем лучше мы поймём принципы и динамику этих процессов, тем скорее разработаем вакцины нового поколения, менее чувствительные к мутациям вируса.
Статья: https://www.nature.com/articles/s41467-021-27669-8#Sec12
Источник информации: Национальный медицинский исследовательский центр гематологии Минздрава России
Источник фото: ru.123rf.com
