Материалы портала «Научная Россия»

0 комментариев 805

Эксперты СПбГУ создали модуль для расшифровки генома коронавируса

Эксперты СПбГУ создали модуль для расшифровки генома коронавируса
Ученые СПбГУ представили новую разработку, которая позволяет собирать геномы коронавирусов coronaspades. Благодаря coronaspades уже восстановлены последовательности геномов ранее неизвестных коронавирусов

Ученые СПбГУ представили новую разработку, которая позволяет собирать геномы коронавирусов coronaspades. Благодаря coronaspades уже восстановлены последовательности геномов ранее неизвестных коронавирусов.

"Дело в том, что биологи до сих пор не умеют читать геномы так же, как мы читаем книгу: от начала и до конца. Вместо этого они "прочитывают" небольшие фрагменты, которые потом собирают в полный текст. Поэтому сборка генома мало чем отличается от сборки пазла из миллиона частей. Эта задача относится к одной из самых сложных алгоритмических проблем в биоинформатике, и, чтобы ее решить, необходимо использовать специальные инструменты - геномные сборщики", - отметили в пресс-службе вуза.

Модуль coronaspades — разработка, которая поможет сделать более понятным эпидемический процесс. Подходы, которые использованы в coronaSPAdes, будут в дальнейшем применяться для разработки новых сборщиков.

Разработка первой версии coronaspades заняла пару недель. На данный момент создатели сборщика заняты его дальнейшим совершенствованием, однако с его помощью уже сейчас можно восстанавливать геномы коронавирусов de novo, гораздо эффективнее и качественнее, чем альтернативные подходы. Например, из некоторых наборов данных были собраны полноразмерные геномы, по предварительным данным, ранее неизвестных коронавирусов.

Coronaspades использует уникальные алгоритмы, нацеленные на совершенствование восстановления последовательности генома коронавирусов. Более того, подходы, заложенные в coronaspades, будут применяться в дальнейшем для разработки новых сборщиков, использующих информацию о структуре других типов геномов.

 

Источник: spbu.ru

биоинформатика геномная биоинформатика геномы модуль coronaspades сборка генома

Назад

Социальные сети

Комментарии

Авторизуйтесь, чтобы оставить комментарий

Информация предоставлена Информационным агентством "Научная Россия". Свидетельство о регистрации СМИ: ИА № ФС77-62580, выдано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций 31 июля 2015 года.