Основная задача Фонда – проведение конкурсного отбора лучших научных проектов из числа тех, что представлены Фонду учеными в инициативном порядке, и последующее организационно-финансовое обеспечение поддержанных проектов.
Реализация данной задачи позволяет обеспечивать научно-технологический задел и формировать исследовательский потенциал на приоритетных направлениях развития науки и технологий, стимулировать генерации научных идей, отбирать лучшие заявки на стадии инициатив, находить новации, возможные к реализации в рамках программ исследований Российской академии наук, институтов развития, образовательных учреждений высшего профессионального образования и государственных научных центров.
РФФИ уделяет значительное внимание созданию развитой системы взаимосвязей участников инновационной деятельности, улучшению их взаимодействия для совместной реализации научно-исследовательских проектов, выработке общих стратегических целей. Для решения этой задачи подписаны соглашения о взаимодействии с федеральными органами исполнительной власти, государственными корпорациями, организациями – координаторами технологических платформ, другими институтами развития и бизнес-структурами. Основной целью соглашений является проведение скоординированной политики в области практического использования достижений фундаментальной науки, прежде всего в сфере высоких технологий и решения актуальных межотраслевых задач, которые возникают в процессе построения экономики, основанной на знаниях.
Совместная работа участников соглашений ориентирована на укрепление национальной инновационной системы страны на основе создания прочных организационных связей между блоком генерации знаний и блоком коммерциализации результатов, в целом направленных на осуществление полного цикла исследований.
Сотрудничество РФФИ с субъектами Российской Федерации осуществляется в форме совместных конкурсов, двусторонних и многосторонних соглашений, направленных на поддержку научных исследований, необходимых для решения актуальных социально-экономических проблем регионов. Более 1000 региональных проектов ежегодно финансируется Фондом на паритетной с субъектами Федерации.
Международные программы научных исследований реализуются в рамках соглашений с более чем 30 зарубежными партнерами.
Основной целью развития сектора фундаментальных исследований является обеспечение лидирующих позиций российской фундаментальной науки на мировой арене. Для достижения этой цели в рамках реализации Программы деятельности РФФИ до 2020 года Фонду предстоит сконцентрировать усилия по дальнейшему формированию потенциала фундаментальной науки России, признанного мировым научным сообществом.