Материалы портала «Научная Россия»

Ученые ТПУ и Германии разработали первое общедоступное ПО для анализа биомедицинских материалов

Ученые ТПУ и Германии разработали первое общедоступное ПО для анализа биомедицинских материалов
Программное обеспечение Quanfima позволяет анализировать структуру скаффолдов — полимерных каркасов, которые служат основой для выращивания новых органов и тканей

Сотрудники ТПУ вместе с коллегами из Технологического института Карлсруэ (Германия) разработали программное обеспечение Quanfima, позволяющее анализировать структуру скаффолдов — полимерных каркасов, которые служат основой для выращивания новых органов и тканей. В отличии от существующих аналогов, это первое общедоступное программное обеспечение, которое позволяет анализировать разные виды биоматериалов: полимерные скаффолды или гибридные полимерные скаффолды, в составе которых находится микродисперсная неорганическая фаза. Результаты исследований опубликованы в статье в журнале PLoS One (https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0215137).

По словам одного из авторов исследования, директора научно-исследовательского центра «Физическое материаловедение и композитные материалы» Томского политехнического университета Романа Сурменева, композитные трехмерные скаффолды, представленные различными материалами с волокнистой структурой или содержащие различные добавки, оказывают положительный эффект на процессы регенерации различных тканей. Сейчас существует ряд методов визуализации для анализирования биоматериалов, например, сканирующая электронная микроскопия, атомно-силовая микроскопия и другие. Они позволяют получать данные в виде изображения или последовательности изображений. Однако полученная информация должна обрабатываться с использованием специализированных методов анализа изображений. При этом анализ волокнистой структуры композитных материалов, особенно в трехмерном пространстве, остается сложной задачей из-за различного диаметра волокон (от микро- до наноразмеров) и их состава.

«Необходимость разработки подобного программного обеспечения была обусловлена отсутствием бесплатного программного продукта, позволяющего проводить анализ волокон с точки зрения их ориентации в пространстве относительно выбранного базиса и размера. При этом у ряда зарубежных научных групп есть коммерческие продукты, чей функционал схож с разработанной нами программой, однако они не находятся в открытом доступе», — говорит ученый.

Работа велась в составе международной научной группы. Так, создавал ПО на основе языка программирования Python сотрудник технологического института Карлсруэ Роман Шкарин. А политехники в свою очередь предоставили модельные материалы для исследований — полимерный скаффолд и гибридный полимерный скаффолд. Программный пакет Quanfima, по словам разработчиков, основан на нескольких широко распространенных продуктах, разработанных для анализа данных, например, NumPy, SciPy, scikit-image, VIGRA, Pandas и Statsmodels. В новом ПО ученые постарались объединить их возможности.

«В настоящее время ПО Quanfima ("Quantitative Analysis of Fibrous Materials") разработано и может быть использовано по назначению. Продукт можно скачать по ссылке (https://github.com/rshkarin/quanfima). Наша программа позволяет анализировать параметры, которые являются ключевыми для любого биоматериала при использовании в регенеративной медицине, — рассчитать ориентацию волокон полимерных скаффолдов в пространстве, их размер (а также размер частиц, входящих в их состав, в случае композитных волокон), диаметр и пористость скаффолдов. Это облегчает трехмерную визуализацию волокнистых биоматериалов. Кроме того, у программного продукта удобный и простой интерфейс, облегчающий визуализацию и статистический анализ. Также Quanfima может выполнять как 2D, так и 3D-анализ данных, что выгодно отличает его от аналогов», — уточняет Роман Сурменев.

Ученые уже протестировали Quanfima, проанализировав данные рентгеновской томографии, полученные для волокнистых скаффолдов на основе поликапролактона, а также композитных скаффолдов на основе поликапролактона с добавлением биоактивных микрочастиц модифицированного гидроксиапатита – кремнийсодержащего гидроксиапатита.

«Программа позволила нам установить размер микровключений в виде микрочастиц или агломератов частиц модифицированного гидроксиапатита. Полученные результаты показывают, что разработанное программное обеспечение поможет другим ученым, которые проводят аналогичные нашим исследования, анализировать волокнистую структуру любых скаффолдов, в том числе и гибридных», — подчеркивает ученый, уточняя, что в планах разработчиков — дальнейшее усовершенствование программного продукта с расширением функционала.

Иллюстрация: изображения различных конфигураций полимерных волокон скаффолда: a) с выровненной структурой (A); b) с частично-выровненной (M); c) со случайной ориентацией волокон (D); d) центральный срез в YZ-плоскости волокон, обработанный различными способами

открытое программное обеспечение скаффолд

Назад

Социальные сети

Комментарии

Авторизуйтесь, чтобы оставить комментарий

Информация предоставлена Информационным агентством "Научная Россия". Свидетельство о регистрации СМИ: ИА № ФС77-62580, выдано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций 31 июля 2015 года.