Эрнст Генрих Филипп Август Геккель родился 16 февраля 1834 года в Потсдаме (Германия). Изучал медицину и естествознание в Бернском, Вюрцбургском и Венском университетах; в 1857 году получил диплом врача, но медицинской практикой впоследствии никогда не занимался — интерес к биологии оказался сильнее.

Первым крупным биологическим исследованием Геккеля стало изучение планктона в Мессинском заливе (Италия), в результате которого он открыл 120 новых видов радиолярий. В 1862 году, в возрасте 28 лет Эрнст Геккель был назначен адъюнкт-профессором Йенского университета, в котором он затем стал приват-доцентом и наконец — полным профессором.

Геккель горячо увлекся идеями дарвинизма и впоследствии развил их в своих работах. В 1863 году молодой ученый выступил на заседании Немецкого научного общества со своей первой лекцией, посвященной учению Дарвина. За этим последовали книги «Общая морфология организмов» (1866) и «Естественная история миротворения» (1868). В 1874 году Геккель публикует работу «Антропогения или История развития человека», в которой применяет эволюционный подход к происхождению человека и доказывает, что должна существовать переходная форма между обезьяной и человеком. Спустя несколько лет ископаемые останки питекантропа (т. е. «обезьяночеловека» — термин, предложенный Геккелем) действительно были обнаружены на острове Ява.

Другой важной идеей Геккеля стал выведенный им «биогенетический закон», согласно которому любой организм в процессе своего эмбрионального развития (онтогенеза) повторяет этапы эволюции своего вида (филогенез).

Наконец, именно Геккель в своей книге «Общая морфология организмов» впервые предложил сам термин «экология», а также выделить экологию в самостоятельную научную дисциплину.