Материалы портала «Научная Россия»

У культур человеческих клеток порой неверно обозначен пол

У культур человеческих клеток порой неверно обозначен пол
Тесты показывают, что генетические образцы мужских клеток часто помечены как женские и наоборот, что ведет к ошибкам в исследованиях.

Ученые из Канады проанализировали десятки наборов данных геномных исследований и обнаружили, что у почти половины из них пол определяется не тот, что указан на изначальной метке, сообщает Science. К примеру, образец клеток обозначен как мужской, а данные теста свидетельствуют о том, что образец взят от женщины или наоборот. Такая путаница может сказываться на добротности оценок в геномных экспериментах, проводимых по всему миру, полагают авторы работы, опубликованной на сайте препринтов bioRxiv. Их статья еще не прошла рецензирование.

В исследовании речь идет о данных тканевой транскриптомы, которая представляет собой массив мессенждерской РНК (мРНК), образующейся когда включаются гены клеток для производства белка. Несмотря на то, что в последние годы сделано много, чтобы снизить ошибки в исследованиях по РНК-транскриптоме, компьютерный биолог Лила Тоукер (Lilah Toker) с коллегами из университета Британской Колумбии увидела, что тесты расходятся с информацией в подписях образцов. Ученые задались вопросом, насколько широко распространены эти ошибки или это нахожится в рамках погрешности для большого числа анализов.

Чтобы ответить на этот вопрос, ученые проанализировали транскриптомы из 70 публично доступных наборов данных образцов человеческих тканей. Они провели тесты для мРНК в мужских и женских специфических генах, чтобы определить пол человека, у которого были взяты ткани. Тесты показали несоответствия между подписями образцов и результатами текстов в 32 из 70 наборов данных. Это путаница может быть из-за неверного подписывания образцов, а может быть, проблема сложнее и указывает на загрязнение оригинального материала чужими клетками.

С выводами статьи несогласна Аманда Кейпс-Дэвис (Amanda Capes-Davis) из Австралии, председатель Международного комитета аутентификации клеточных линий, пишет Science. Эксперт допускает, что путаница с метками образцов в транскриптомных исследованиях — серьезный вопрос, особенно когда ученые используют линии клеток, культивируемые в лабораториях в течение лет и даже десятилетий. Но Кейпс-Дэвис сомневается в том, что специфичные к полу генетические тесты правильно использовать как инструмент определения пола. Ведь много мужских клеточных линий теряют Y-хромосому в процессе культивации, что затрудняет определение их происхождения.

Исследование об этом публиковалось в прошлом году в Nature. Авторы той статьи изучили 2000 клеточных линий и обнаружили сотни образцов, изначально помеченных как мужские, а потом оказавшихся женскими в результате тестов генов, специфичных к полу. В тоже время 10 линий, помеченных как женские, определились как мужские. Такую разницу в результатах текстов можно объяснить потерей Y-хромосомы, полагает Кейпс-Дэвис.

Все же слишком много лабораторий не проводят основные аутентификационные тесты своих клеток перед экспериментами, считает эксперт. Тоукер с соавторами полагает, что простые генетические тесты определения пола должны стать стандартами в лаборатории.

аутентификационные тесты геномные исследования данные тканевой транскриптомы ошибки

Назад

Социальные сети

Комментарии

Авторизуйтесь, чтобы оставить комментарий